CRAMdb：微生物組在動物中的組成和作用的綜合數(shù)據(jù)庫

      動物微生物組包括細(xì)菌、病毒、真菌、古細(xì)菌和原生動物，它們幾乎在動物的所有身體部位定植，并在動物宿主的健康、疾病、生長、發(fā)育和性狀中發(fā)揮重要作用。近年來，動物宏基因組數(shù)據(jù)集（包括擴(kuò)增子和宏基因組測序數(shù)據(jù)集）的數(shù)量迅速增加。隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，微生物組學(xué)進(jìn)入蓬勃發(fā)展時期，助力解決動物健康與疾病的診斷、治療、預(yù)防等一系列生命科學(xué)領(lǐng)域的重要科學(xué)難題。面對科學(xué)數(shù)據(jù)的爆炸式增長，亟需建立以動物宏微生物組為核心的開放數(shù)據(jù)庫，以存儲世界范圍內(nèi)的組學(xué)研究數(shù)據(jù)，推動微生物組學(xué)基礎(chǔ)研究和實(shí)際轉(zhuǎn)化應(yīng)用的快速發(fā)展。

      最近，石河子大學(xué)生命科學(xué)院團(tuán)隊(duì)發(fā)布了一個綜合性的微生物組數(shù)據(jù)庫——CRAMdb（http://www.ehbio.com/CRAMdb），該數(shù)據(jù)相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。CRAMdb是非人類動物精選和一致注釋宏基因組的綜合資源。它側(cè)重于微生物組在各種動物物種中的組成和作用。CRAMdb的主要目標(biāo)是促進(jìn)動物宏基因組數(shù)據(jù)的重用，并實(shí)現(xiàn)跨宿主和跨表型比較。

      CRAMdb數(shù)據(jù)庫特別關(guān)注動物微生物組成和微生物群與動物各種表型之間的關(guān)聯(lián)性。整理和分析了世界范圍內(nèi)516種動物、43種表型和475個項(xiàng)目的微生物組數(shù)據(jù)集，包含9430種細(xì)菌、278種古細(xì)菌、2216種真菌和458種病毒等共計(jì)12382種微生物。CRAMdb數(shù)據(jù)庫包括兩個主要模塊內(nèi)容: “微生物組成”和“微生物關(guān)聯(lián)”。

      微生物的組成旨在探索不同宿主或不同部位微生物群的分布，允許用戶跨宿主或跨樣本位點(diǎn)比較微生物的相對豐度和流行度的差異。
      微生物關(guān)聯(lián)旨在揭示微生物群在不同表型中的作用，用戶可獲得兩種表型之間具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的關(guān)聯(lián)微生物，同時可以進(jìn)行關(guān)聯(lián)微生物的跨表型比較。

      CRAMdb是一個包含與動物相關(guān)的細(xì)菌、古細(xì)菌、真菌和病毒數(shù)據(jù)的綜合數(shù)據(jù)庫，用于探索各種動物物種中微生物的組成和作用，將有助于生物學(xué)家從微生物的角度入手，審視動物宿主的性狀，選擇具有潛在重要作用的微生物開展深入分析和功能驗(yàn)證，為動物健康監(jiān)測、疾病早期診斷、生產(chǎn)性能提升等方面研究提供重要數(shù)據(jù)支持。例如，利用微生物名稱，用戶能快速獲得不同宿主和樣本位點(diǎn)下的相對豐度和流行度、相關(guān)聯(lián)的表型和對應(yīng)的豐度變化；利用動物名稱，用戶能夠快速獲得融合多數(shù)據(jù)集的微生物組成、多表型之間具有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的關(guān)聯(lián)微生物；利用表型名稱，用戶能快速獲得多物種多數(shù)據(jù)集下的關(guān)聯(lián)微生物并進(jìn)行比較分析。