CRAMdb：微生物組在動物中的組成和作用的綜合數(shù)據(jù)庫

      動物微生物組包括細菌、病毒、真菌、古細菌和原生動物，它們幾乎在動物的所有身體部位定植，并在動物宿主的健康、疾病、生長、發(fā)育和性狀中發(fā)揮重要作用。近年來，動物宏基因組數(shù)據(jù)集（包括擴增子和宏基因組測序數(shù)據(jù)集）的數(shù)量迅速增加。隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，微生物組學(xué)進入蓬勃發(fā)展時期，助力解決動物健康與疾病的診斷、治療、預(yù)防等一系列生命科學(xué)領(lǐng)域的重要科學(xué)難題。面對科學(xué)數(shù)據(jù)的爆炸式增長，亟需建立以動物宏微生物組為核心的開放數(shù)據(jù)庫，以存儲世界范圍內(nèi)的組學(xué)研究數(shù)據(jù)，推動微生物組學(xué)基礎(chǔ)研究和實際轉(zhuǎn)化應(yīng)用的快速發(fā)展。

      最近，石河子大學(xué)生命科學(xué)院團隊發(fā)布了一個綜合性的微生物組數(shù)據(jù)庫——CRAMdb（http://www.ehbio.com/CRAMdb），該數(shù)據(jù)相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Res期刊（IF:19.160）。CRAMdb是非人類動物精選和一致注釋宏基因組的綜合資源。它側(cè)重于微生物組在各種動物物種中的組成和作用。CRAMdb的主要目標是促進動物宏基因組數(shù)據(jù)的重用，并實現(xiàn)跨宿主和跨表型比較。

      CRAMdb數(shù)據(jù)庫特別關(guān)注動物微生物組成和微生物群與動物各種表型之間的關(guān)聯(lián)性。整理和分析了世界范圍內(nèi)516種動物、43種表型和475個項目的微生物組數(shù)據(jù)集，包含9430種細菌、278種古細菌、2216種真菌和458種病毒等共計12382種微生物。CRAMdb數(shù)據(jù)庫包括兩個主要模塊內(nèi)容: “微生物組成”和“微生物關(guān)聯(lián)”。

      微生物的組成旨在探索不同宿主或不同部位微生物群的分布，允許用戶跨宿主或跨樣本位點比較微生物的相對豐度和流行度的差異。
      微生物關(guān)聯(lián)旨在揭示微生物群在不同表型中的作用，用戶可獲得兩種表型之間具有統(tǒng)計學(xué)差異的關(guān)聯(lián)微生物，同時可以進行關(guān)聯(lián)微生物的跨表型比較。

      CRAMdb是一個包含與動物相關(guān)的細菌、古細菌、真菌和病毒數(shù)據(jù)的綜合數(shù)據(jù)庫，用于探索各種動物物種中微生物的組成和作用，將有助于生物學(xué)家從微生物的角度入手，審視動物宿主的性狀，選擇具有潛在重要作用的微生物開展深入分析和功能驗證，為動物健康監(jiān)測、疾病早期診斷、生產(chǎn)性能提升等方面研究提供重要數(shù)據(jù)支持。例如，利用微生物名稱，用戶能快速獲得不同宿主和樣本位點下的相對豐度和流行度、相關(guān)聯(lián)的表型和對應(yīng)的豐度變化；利用動物名稱，用戶能夠快速獲得融合多數(shù)據(jù)集的微生物組成、多表型之間具有統(tǒng)計學(xué)差異的關(guān)聯(lián)微生物；利用表型名稱，用戶能快速獲得多物種多數(shù)據(jù)集下的關(guān)聯(lián)微生物并進行比較分析。