CaviDB: 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)

           蛋白質(zhì)是細(xì)胞的結(jié)構(gòu)、功能和進(jìn)化單元。在它們的表面，蛋白質(zhì)被塑造成許多凹陷和突起，為配體結(jié)合和催化提供獨(dú)特的微環(huán)境。這些空腔的動(dòng)力學(xué)、大小和化學(xué)性質(zhì)對(duì)于蛋白質(zhì)功能的機(jī)制理解至關(guān)重要。
CaviDB，一個(gè)關(guān)于已知蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中空腔及其特征的新數(shù)據(jù)庫(kù)。它將常用空腔檢測(cè)軟件的結(jié)果與序列、結(jié)構(gòu)和功能分析得出的蛋白質(zhì)特征相結(jié)合。CaviDB中的每一種蛋白質(zhì)都與其相應(yīng)的構(gòu)象體相連，這也有助于研究空腔中的構(gòu)象變化。
           https://www.cavidb.org/

           CaviDB的使用很簡(jiǎn)單，只需提供蛋白的PDB ID、UniProt ID、UniProt條目名稱或Alphabold ID，數(shù)據(jù)庫(kù)將自動(dòng)加載與搜索相關(guān)的所有鏈及其一般數(shù)據(jù)，包括它們的長(zhǎng)度、預(yù)測(cè)的腔數(shù)和相關(guān)的交叉引用標(biāo)識(shí)符。以P42898為例：

           點(diǎn)擊眼睛跳轉(zhuǎn)至該條目的詳情頁(yè)，包括：

           1. 蛋白及對(duì)應(yīng)基因的ID、蛋白結(jié)構(gòu)展示：

           2. Druggable腔（Druggability score>0.5）用圖標(biāo)標(biāo)記，并且可以通過(guò)位于序列可視化之前的按鈕進(jìn)行選擇或取消選擇。

           每個(gè)條目的主要結(jié)構(gòu)可以以兩種不同的表示形式顯示：字母湯和類似周期表的可視化。

           3. 蛋白詳細(xì)描述