CenhANCER：初級組織和細胞系的綜合癌癥增強子數據庫
欄目：最新研究動態(tài)
發(fā)布時間：2023-08-15
增強子是重要的致瘤因子，在癌癥的分型、診斷和治療中有著廣泛的應用，在癌癥研究中受到越來越多的關注......
增強子是重要的致瘤因子，在癌癥的分型、診斷和治療中有著廣泛的應用，在癌癥研究中受到越來越多的關注。然而，由于缺乏綜合數據資源，尤其是來自腫瘤原發(fā)組織的數據資源，癌癥增強劑的系統(tǒng)分析面臨挑戰(zhàn)。
CenhANCER，包括來自41種癌癥類型的805個初級組織樣本和671個細胞系樣本的所有公共H3K27ac ChIP-Seq數據?？偣?7 029 408種典型的增強子，978 411種超級增強子和226種 鑒定出726個富集的轉錄因子。該數據庫用染色質可及性區(qū)域、癌癥表達定量性狀位點（eQTL）、基因型組織表達eQTLs和全基因組關聯研究風險單核苷酸多態(tài)性（SNPs）對超增強子進行注釋，以進行進一步的功能分析。
https://cenhancer.chenzxlab.cn/#/
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用戶可以瀏覽數據庫中的所有樣本。側欄中提供了樣本來源類型和癌癥類型的過濾條件。
點擊“GSM”列跳轉至數據來源頁面；點擊“Sample id”列跳轉至詳情頁：
該頁面提供了一些樣本信息，如超級增強器編號、輸入樣本和相鄰樣本的GSM id。統(tǒng)計了超級增強子和增強子在染色體上的分布，并顯示了在該樣品中鑒定的超級增強子和轉錄因子。
SuperEnhancer
在此模塊中，用戶可以通過兩種方式搜索癌癥類型中的超級增強器：左側面板提供了對基因的搜索；在右側面板中，用戶可以指定要搜索的區(qū)域。
TypicalEnhancer
在這個搜索模塊中，統(tǒng)計了不同癌癥類型中所有樣本的典型增強子，并提供了該癌癥類型中每個增強子的出現次數。
用戶可以通過指定癌癥類型、樣本來源、染色體位置或基因名來進行搜索。
TranscriptionFactor
在這個搜索模塊中，識別了每個樣本中可能的轉錄因子，并統(tǒng)計了它們在樣本中的發(fā)生率。
用戶可以通過指定癌癥類型、基因名來進行搜索。