scLiverDB：肝臟單細胞轉錄組數(shù)據(jù)庫

       肝臟是一個重要的器官，具有廣泛的代謝功能和許多獨特的免疫特性。在解剖學上，人的肝臟由4個葉組成，小鼠的肝臟由5個葉組成。肝小葉是肝臟的基本結構單元。肝小葉中的血液從門脈和肝竇網(wǎng)絡流向中央靜脈。高度結構化的分帶構建了一個梯度代謝微環(huán)境，促進氧氣攝入、檢測和清除感染，并吸收氮和激素。在免疫學中，肝臟富含豐富的常駐免疫細胞，這些免疫細胞以各種模式分布在肝細胞和門脈周圍，可以從血液中募集免疫細胞。由于肝臟是一個免疫耐受器官，它不僅對腸道中的病原體和微生物群敏感，而且經(jīng)常發(fā)生原發(fā)性腫瘤和轉移。因此，促進細胞群體在肝臟再生、生理、疾病和癌癥方面的研究迫在眉睫。
       近日，華中科技大學武漢光電國家研究中心張智紅教授團隊在Small Methods期刊（12.4）上發(fā)表了題為“scLiverDB: a database of human and mouse liver transcriptome landscapes at single-cell resolution”的研究論文。scLiverDB（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/liverdb）是人類和小鼠肝臟的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)庫，用于在單細胞水平揭示肝臟各種疾病、多種細胞類型以及不同發(fā)育階段的肝臟細胞組成、細胞異質性和基因表達情況。

       scLiverDB當前版本收集兩個物種（人和小鼠），62個數(shù)據(jù)集，9050個樣品，11種肝臟疾病類型，9種單細胞建庫平臺，以及23個肝臟發(fā)育時間點數(shù)據(jù)，共計1741734個高質量細胞的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)，其中，1071108個人類肝臟細胞；670626個小鼠肝臟細胞。在人類肝臟中鑒定出115種細胞類型，在小鼠肝臟中鑒定出45種細胞類型。11種疾病類型，包括正常、損傷、細菌感染、急性肝衰竭、非酒精性脂肪性肝?。∟AFLD）、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）、肝纖維化、肝硬化、腫瘤干細胞（CSC）、肝內(nèi)膽管癌（iCCA/ICC）和肝癌（HCC）；9個文庫平臺，包括10X Genomics、SMART-seq、Smart-seq2、Microwell-seq、mCEL-Seq2、STRT-seq、Fluidigm C1、indrop和MARS-seq。

       scLiverDB主要包括五個模塊功能:
       1）數(shù)據(jù)集多樣性：數(shù)據(jù)庫收集了幼年和成年人與小鼠多種疾病類型與癌癥的數(shù)據(jù)，并進行統(tǒng)一分析，細胞注釋使用SingleR和手動結合的方法，更加準確地獲得細胞類型。用戶可以在網(wǎng)站上搜索不同疾?。ǜ螕p傷、肝硬化、肝纖維化和非酒精性脂肪肝）或癌癥（HCC、CSC和iCCA）狀態(tài)下基因在不同細胞中的表達情況。
       2）數(shù)據(jù)集對比：數(shù)據(jù)庫提供兩個不同數(shù)據(jù)集之間的對比，不同數(shù)據(jù)集間的基因表達差異。
       3）表達模式分析：數(shù)據(jù)庫對有時間信息的數(shù)據(jù)集進行了表達模式分析，用戶可以查看出不同時間的基因表達變化。
       4）差異表達分析：數(shù)據(jù)庫提供了正常和疾病狀態(tài)下的肝臟基因表達差異搜索功能，可視化不同疾病狀態(tài)下肝臟的基因表達變化。
       5）數(shù)據(jù)可視化：數(shù)據(jù)庫對數(shù)據(jù)集進行密度圖、熱圖、氣泡圖、散點圖和基因表達聚類圖五種展示，便于用戶選擇自己需要的可視化形式進行展示。