活躍翻譯組測(cè)序Active Ribo-seq

      常規(guī)翻譯組（Ribo-seq）可通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)正處于翻譯狀態(tài)的mRNA進(jìn)行研究，可以間接反應(yīng)蛋白質(zhì)的表達(dá)水平?；钴S翻譯組（Active Ribo-seq） RiboLace技術(shù)是利用一種能結(jié)合處于翻譯活性狀態(tài)核糖體結(jié)合的嘌呤霉素的類(lèi)似物3P,并通過(guò)pull down 分離活躍狀態(tài)的核糖體，但不會(huì)分離翻譯停滯狀態(tài)的核糖體?；钴S翻譯組可以用于研究細(xì)胞，組織樣本中mRNA翻譯狀態(tài)，并預(yù)測(cè)蛋白表達(dá)水平。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1. 識(shí)別處于翻譯轉(zhuǎn)態(tài)的RNA分子，準(zhǔn)確描繪翻譯中的核糖體圖譜
2. 樣本量要求更低，可低至單細(xì)胞水平
3. 高精度的活躍核糖體圖譜，達(dá)到單堿基分辨率

實(shí)驗(yàn)流程

研究案例
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和翻譯組學(xué)跨組學(xué)聯(lián)合揭示人卵母細(xì)胞成熟的潛在機(jī)制
      將轉(zhuǎn)錄組和翻譯組跨組學(xué)聯(lián)合分析比單獨(dú)使用轉(zhuǎn)錄組更準(zhǔn)確，特別是在哺乳動(dòng)物卵母細(xì)胞這類(lèi)受翻譯調(diào)節(jié)控制的細(xì)胞類(lèi)型。在這項(xiàng)研究中，研究者結(jié)合了RiboLace和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，揭示了小鼠和人類(lèi)卵母細(xì)胞之間不同的翻譯表達(dá)模式，并闡述了人類(lèi)卵母成熟過(guò)程中從細(xì)胞質(zhì)到細(xì)胞核的時(shí)空順序調(diào)節(jié)，還發(fā)現(xiàn)了OOSP2誘導(dǎo)因子在人卵母細(xì)胞成熟中的作用。針對(duì)單卵母細(xì)胞RiboLace和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析進(jìn)一步闡明，OOSP2通過(guò)翻譯調(diào)節(jié)誘導(dǎo)包括了小GTP酶的特異信號(hào)通路。

圖1 A. 活躍翻譯組Ribo-seq重復(fù)相關(guān)性散點(diǎn)圖 B.P-sites 在基因上分布圖 C.P-sites在翻譯起始位點(diǎn)區(qū)域密度分布圖

圖2  A. 轉(zhuǎn)錄組與活躍翻譯組聯(lián)合分析RPKM熱圖  B. 差異翻譯效率基因聚類(lèi)圖

分析內(nèi)容
數(shù)據(jù)質(zhì)控
基因比對(duì)與統(tǒng)計(jì)
RPF長(zhǎng)度分布
全基因組翻譯活性分析
差異翻譯效率基因分析
差異基因GO分析
差異基因KEGG分析

送樣要求：
活躍翻譯組：1×10⁶細(xì)胞，50mg組織