活躍翻譯組測序Active Ribo-seq

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活躍翻譯組測序Active Ribo-seq

識別處于翻譯轉態(tài)的RNA分子,準確描繪翻譯中的核糖體圖譜
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      常規翻譯組(Ribo-seq)可通過(guò)高通量測序技術(shù)對正處于翻譯狀態(tài)的mRNA進(jìn)行研究,可以間接反應蛋白質(zhì)的表達水平?;钴S翻譯組(Active Ribo-seq) RiboLace技術(shù)是利用一種能結合處于翻譯活性狀態(tài)核糖體結合的嘌呤霉素的類(lèi)似物3P,并通過(guò)pull down 分離活躍狀態(tài)的核糖體,但不會(huì )分離翻譯停滯狀態(tài)的核糖體?;钴S翻譯組可以用于研究細胞,組織樣本中mRNA翻譯狀態(tài),并預測蛋白表達水平。

技術(shù)優(yōu)勢
1. 識別處于翻譯轉態(tài)的RNA分子,準確描繪翻譯中的核糖體圖譜
2. 樣本量要求更低,可低至單細胞水平
3. 高精度的活躍核糖體圖譜,達到單堿基分辨率

實(shí)驗流程



研究案例
單細胞轉錄組和翻譯組學(xué)跨組學(xué)聯(lián)合揭示人卵母細胞成熟的潛在機制
      將轉錄組和翻譯組跨組學(xué)聯(lián)合分析比單獨使用轉錄組更準確,特別是在哺乳動(dòng)物卵母細胞這類(lèi)受翻譯調節控制的細胞類(lèi)型。在這項研究中,研究者結合了RiboLace和轉錄組測序,揭示了小鼠和人類(lèi)卵母細胞之間不同的翻譯表達模式,并闡述了人類(lèi)卵母成熟過(guò)程中從細胞質(zhì)到細胞核的時(shí)空順序調節,還發(fā)現了OOSP2誘導因子在人卵母細胞成熟中的作用。針對單卵母細胞RiboLace和轉錄組測序分析進(jìn)一步闡明,OOSP2通過(guò)翻譯調節誘導包括了小GTP酶的特異信號通路。



圖1 A. 活躍翻譯組Ribo-seq重復相關(guān)性散點(diǎn)圖 B.P-sites 在基因上分布圖 C.P-sites在翻譯起始位點(diǎn)區域密度分布圖


圖2  A. 轉錄組與活躍翻譯組聯(lián)合分析RPKM熱圖  B. 差異翻譯效率基因聚類(lèi)圖


分析內容
數據質(zhì)控
基因比對與統計
RPF長(cháng)度分布
全基因組翻譯活性分析
差異翻譯效率基因分析
差異基因GO分析
差異基因KEGG分析

送樣要求:
活躍翻譯組:1×106細胞,50mg組織


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