單細胞轉錄測序(scRNA-seq)

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單細胞轉錄測序(scRNA-seq)

單細胞轉錄測序(scRNA-seq)是在單細胞水平上分析細胞特異性轉錄組的高通量測序方法。scRNA-seq 的工作流程包括單細胞捕獲、mRNA 逆轉錄、cDNA 文庫制備、高通量測序和數據分析。每種細胞類(lèi)型都具有獨特的轉錄組,可以呈現為特定的數據矩陣。scRNA-Seq逐漸成為研究細胞間轉錄組差異性,揭示細胞類(lèi)型、亞型、狀態(tài)和發(fā)展軌跡等有效方法,在探究胚胎發(fā)育和腫瘤發(fā)生發(fā)展等方面被廣泛應用。
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       單細胞轉錄測序(scRNA-seq)是在單細胞水平上分析細胞特異性轉錄組的高通量測序方法。scRNA-seq 的工作流程包括單細胞捕獲、mRNA 逆轉錄、cDNA 文庫制備、高通量測序和數據分析。每種細胞類(lèi)型都具有獨特的轉錄組,可以呈現為特定的數據矩陣。scRNA-Seq逐漸成為研究細胞間轉錄組差異性,揭示細胞類(lèi)型、亞型、狀態(tài)和發(fā)展軌跡等有效方法,在探究胚胎發(fā)育和腫瘤發(fā)生發(fā)展等方面被廣泛應用。

實(shí)驗流程

研究案例

繪制腎癌瘤內和相關(guān)區域的單細胞轉錄組圖譜(Cancer Cell,  IF:50.3,  Q1)

      腫瘤行為與癌細胞的致癌特性以及多細胞相互作用密切相關(guān)。為了解腫瘤微環(huán)境的這種依賴(lài)性,作者研究了來(lái)自 12 位腎臟腫瘤患者的超過(guò) 27 萬(wàn)個(gè)單細胞轉錄組和 100 個(gè)顯微切割組織的全外顯子組,然后使用空間轉錄組學(xué)進(jìn)行驗證。組織樣本取自腫瘤核心、腫瘤-正常界面、周?chē)=M織和外周血等多個(gè)區域。作者發(fā)現 CD8+ T 細胞克隆型的組織類(lèi)型位置在很大程度上決定了它們腫瘤內的空間異質(zhì)性的衰竭狀態(tài),并且這種異質(zhì)性無(wú)法用體細胞異質(zhì)性來(lái)解釋。通過(guò)分析單細胞 RNA 測序數據的新生突變,研究人員大致推斷出基質(zhì)細胞的克隆性和髓系細胞發(fā)育譜系。作者報道了區分腫瘤細胞功能的六種保守的表達程序,并發(fā)現一種上皮-間質(zhì)轉化表型的細胞高度聚集于腫瘤-正常界面,它與表達 IL1B 的巨噬細胞共定位。IL1B巨噬細胞可作為一個(gè)潛在的治療靶點(diǎn)。



圖1 本研究實(shí)驗流程圖

圖2 ccRCC單細胞測序UMAP分析圖

圖3 RCC細胞各cluster的六種表型得分圖及各種表型細胞在瘤內分布

圖4 EMT表型相關(guān)基因和巨噬細胞表達配體表達相關(guān)性的熱圖

本公司單細胞測序分析內容:

  • 測序數據及細胞質(zhì)控過(guò)濾

  • 細胞注釋

  • UMAP可視化

  • 基因可視化

  • 差異分析

  • 差異基因GO/KEGG分析

  • GSVA/GSEA分析

  • 轉錄因子活性分析

  • 偽時(shí)序分析

  • RNA速率分析

  • 細胞通訊分析

  • 浸潤分析

分析結果可視化結



 圖1 PCA聚類(lèi)分析                 圖2 UMAP細胞聚類(lèi)
  

圖3 鑒定到marker基因                 4 注釋細胞類(lèi)群
 

圖5 細胞間通訊分析                 圖6 擬時(shí)序分析

      
圖7 RNA速率分析            圖8 轉錄因子活性分析


scRNA-seq送樣要求:
       新鮮組織、血液樣本、單細胞懸液寄送:


組織樣品

血液

單細胞懸液

樣品量

組織>0.2g

人4mL,鼠1-2mL

細胞量>10^6

保存

組織保存液
保證浸沒(méi)組織樣品

抗凝管

自選緩沖液

運輸

冰袋運輸4℃左右
36 小時(shí)內送達

冰袋運輸4℃左右
4小時(shí)內送達

冰袋運輸4℃左右
2小時(shí)內送達


參考文獻

Li R, Ferdinand JR, Loudon KW, et al. Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer. Cancer Cell. 2022;40(12):1583-1599.e10. doi:10.1016/j.ccell.2022.11.001IF: 50.3 Q1




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